ماموریت کتابخانه مرکز آموزشی و درمانی امیرالمومنین (ع) اشاعه اطلاعات زیست‌پزشکی و بالینی برای جامعه حرفه‌ای پزشکی، شامل پزشکان، پرستاران، تکنسین‌های آزمایشگاهی، پیراپزشکان و مدیران بیمارستان است . این کتابخانه با تأمین نیازهای اطلاعاتی پژوهشگران، استادان، دانشجویان و سایر کاربران، از اهداف آموزشی، پژوهشی و درمانی مرکز پشتیبانی می‌کند . ماموریت این واحد بر ارتقای پژوهش و آموزش اعضا، توسعه منابع چاپی و الکترونیکی، برنامه‌ریزی مشترک و فعالیت هم‌تراز با رسالت بیمارستان، ارتقاء نقش کتابدار بالینی، مشارکت کاربران در تهیه منابع و به‌روزرسانی مستمر وب‌سایت کتابخانه متمرکز است . وجه تمایز این کتابخانه از سایر کتابخانه‌ها، تأکید بر تهیه منابعی است که در معالجه و مراقبت بالینی بیماران کاربرد مستقیم دارند .