سقط جنین ممنوع بوده و از جرائم دارای جنبه عمومی می ‌باشد و مطابق مواد (۷۱۶) تا (۷۲۰) قانون مجازات اسلامی و مواد این قانون، مستوجب مجازات دیه، حبس و ابطال پروانه پزشکی است.
مادر صرفاً در مواردی که احتمال بدهد شرایط زیر محقق می ‌شود، می‌تواند درخواست سقط جنین را به مراکز پزشکی قانونی تقدیم نماید.
کلیه مراکز پزشکی قانونی در مراکز استان‌ ها مکلفند درخواست ‌های واصله را فوراً به کمیسیون سقط قانونی ارجاع نمایند. این کمیسیون مرکب از یک قاضی ویژه، یک پزشک متخصص متعهد و یک متخصص پزشک قانونی در استخدام سازمان پزشکی قانونی، حداکثر ظرف یک هفته تشکیل می ‌شود. رای لازم توسط قاضی عضو کمیسیون با رعایت اصل عدم جواز سقط در موارد تردید صادر می ‌گردد.
قاضی عضو در کمیسیون مذکور با حصول اطمینان نسبت به یکی از موارد ذیل مجوز سقط قانونی را با اعتبار حداکثر پانزده روزه صادر می ‌نماید:
الف - در صورتی که جان مادر به شکل جدی در خطر باشد و راه نجات مادر منحصر در سقط جنین بوده و سن جنین کمتر از چهار ماه باشد و نشانه‌ ها و امارات ولوج روح در جنین نباشد،
ب - در مواردی که اگر جنین سقط نشود مادر و جنین هر دو فوت می‌ کنند و راه نجات مادر منحصر در اسقاط جنین است،
ج - چنانچه پس از اخذ اظهارات ولی، جمیع شرایط زیر احراز شود:
- رضایت مادر
- وجود حرج (مشقت شدید غیرقابل تحمل) برای مادر
- وجود قطعی ناهنجاری ‌های جنینی غیرقابل درمان، در مواردی که حرج مربوط به بیماری یا نقص در جنین است
- فقدان امکان جبران و جایگزینی برای حرج مادر
- فقدان نشانه‌ ها و امارات ولوج روح
- کمتر از چهار ماه بودن سن جنین.
تبصره ۱ - رای صادره ظرف یک هفته قابل اعتراض در شعبه یا شعب اختصاصی دادگاه تجدیدنظر، به ریاست قاضی یا قضات ویژه منصوب رئیس قوه قضائیه در این امر می‌باشد و دادگاه مذکور حداکثر باید ظرف یک هفته تصمیم خود را اعلام کند.
تبصره ۲ - بیمارستانهای مورد تایید پزشکی قانونی موظفند در موارد مجاز سقط، منحصراً پس از دستور قاضی و احراز عدم امارات و نشانه های ولوج روح،‌ سقط جنین را اجراء کنند و اطلاعات مربوط را با رعایت اصول محرمانگی در پرونده الکترونیک سلامت بیمار و یا سامانه ماده (۵۴) این قانون ثبت و بارگذاری نمایند.
تبصره ۳ - سازمان پزشکی قانونی اطلاعات مربوط به کلیه مراحل درخواست سقط تا نتیجه آن، اعم از دلایل درخواست ‌دهنده، اعضای کمیسیون، صدور یا عدم صدور مجوز و دلیل صدور مجوز را با رعایت اصول محرمانگی، در پرونده الکترونیک سلامت بیمار و یا سامانه ماده (۵۴) این قانون ثبت و بارگذاری می کند و اطلاعات آن را هر سال در اختیار مجلس شورای اسلامی و شورای عالی انقلاب فرهنگی قرار می دهد.
تبصره ۴ - چنانچه پزشک یا ماما یا دارو فروش، خارج از مراحل این ماده وسایل سقط جنین را فراهم سازند یا مباشرت به سقط جنین نمایند علاوه بر مجازات مقرر در ماده (۶۲۴) قانون مجازات اسلامی (کتاب پنجم - تعزیرات و مجازات های بازدارنده)، پروانه فعالیت ایشان ابطال می‌شود. تحقق این جرم نیازمند تکرار نیست.