سازمان های وابسته به مرکز تحقیقات طب سنتی و مکمل به شرح زیر است:

• دفتر طب سنتی وزارت بهداشت
• مرکز توسعه هماهنگی و ارزیابی تحقیقات وزارت بهداشت
• معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه علوم پزشکی اراک