این معاونت مسئولیت مدیریت، برنامه ریزی و نظارت بر امور حوزه پژوهش را بر عهده دارد؛ هدایت فعالیت های پژوهشی دانشگاه و حمایت از فعالیت های پژوهشی اساتید، محققان، دانشجویان و کارکنان از دیگر وظایف این حوزه است.
در حال حاضر معاونت تحقیقات و فناوری با یک مدیریت ارزیابی توسعه تحقیقات و دو گروه اطلاع رسانی پزشکی و منابع علمی و گروه توسعه فناوری سلامت اداره می شود؛ این معاونت مسئول توسعه تحقیقات، ارزیابی هیات علمی از نظر پژوهشی، برگزاری کمیته ها و شوراهای پژوهشی و نظارت بر فعالیت های تحقیقاتی مراکز تحقیقاتی و پایگاه های توسعه تحقیقات بالینی است.
در سال ۱۴۰۲ تاکنون تعداد ۲۶ کمیته اخلاق در پژوهش های زیست پزشکی، ۱۱ شورای تخصصی پژوهشی، ۲ کمیته اخلاق حیوانی، ۲ شورای انتشارات توسط این معاونت برگزار شده است، همچنین تعداد ۵۰ پروپوزال طرح تحقیقاتی و ۱۳۵ پروپوزال پایان نامه توسط این معاونت تصویب شده است، بعلاوه اینکه تعداد مقالات چاپ شده دانشگاه در سال ۲۰۲۳ تعداد ۳۷۶ مورد بوده است، تعداد ۳ مجله که یکی از آن ها نمایه اسکوپوس دارد (مجله سم شناسی) توسط معاونت تحقیقات مدیریت می شود، تعداد سه مرکز تحقیقاتی (پزشکی مولکولی، بیماری های عفونی، طب سنتی و مکمل) و ۳ پایگاه توسعه تحقیقات بالینی (بیمارستان های ولیعصر(عج)، امیرالمومنین(ع) و امیرکبیر) و ۴ هسته پژوهشی فعال (سرطان، آلاینده ها، مطالعات ثانویه، زنان) نیز توسط معاونت تحقیقات مدیریت می شود.
در کنار طرح ها تحقیقاتی و روند رو به رشد مقالات، توجه به توسعه فناوری و افزایش مراکز رشد و توسعه شرکت های دانش بنیان به عنوان یکی از وظائف معاونت تحقیقات در مسیر مناسبی قرار گرفته است؛ همچنین توسعه مگا پروژه ها از جمله مطالعات کوهورت و رجیستری ها و بهره برداری از آنها نیز در دستور کار معاونت قرار دارد.
برگزاری کنگره های ملی از جمله کنگره ملی جوانی جمعیت که در آذرماه با موفقیت برگزار شد و همچنین کارگاه های کشوری از جمله کارگاه اخلاق و فناوری نیز از اقدامات این معاونت است؛ پیگیری های مستمر از وزارت متبوع و بازدید معاون پژوهش وزارت بهداشت از دیگر فعالیت های معاونت تحقیقات در شش ماه گذشته بوده است.
یکی دیگر از مواردی که معاونت تحقیقات نسبت به آن توجه ویژه دارد به روز بودن منابع علمی و کتابخانه و مجلات است که در ماه های گذشته با پیگیری های فراوان فضای کتابخانه بهسازی شده است و دو سالن قرائت خانه مجزا مورد بهره برداری قرار گرفته است.