از جمله مهم ترین وظایف و فعالیت های مرکز تحقیقات طب سنتی و مکمل دانشگاه علوم پزشکی اراک به شرح زیر می باشد:

• ارتقاء و توسعه دانش، پژوهش و فناوری در زمینه های مرتبط با طب ایرانی و نیاز کشور
• تربیت نیروهای توانمند پژوهشی در زمینه طب ایرانی
• استفاده بهینه از منابع انسانی و تجهیزات در جهت ارائه پروتکل های درمانی براساس تحقیقات انجام شده و موقعیت های اقتصادی، تولیدی و اجتماعی کشور
• ارائه پروتکل های آموزشی عمومی برای مردم و نیروهای بهداشتی درمانی بر اساس یافته های پژوهشی مبتنی بر شواهد
• تلاش در ایجاد شبکه همکاری بین مراکز تحقیقاتی و اجرایی کشور