مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی دانشگاه علوم پزشکی اراک در مجتمع پیامبر اعظم (ص) دانشگاه علوم پزشکی اراک قرار دارد و به همت معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه تجهیز و راه اندازی شده است. این مرکز در تاریخ 92 در تاریخ 20 شهریور سال 1387 موفق به اخذ مجوز اصولی و در تاریخ 11 آبان 1391 موفق به اخذ موافقت قطعی از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی گردید. این واحد بعنوان یک مرکز فعال و مجهز توانسته است بخشی زیادی از نیاز های اعضاء هیئت علمی و دانشجویان تحصیلات تکمیلی و سایر پژوهشگران را تامین نماید.