با توجه به نقش و اهمیت هیأت امناء در دانشگاه‌ها / دانشکده‌ها و مؤسسات وابسته به وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی و نیز وظایف، اختیارات و ظرفیت‌های تعریف شده در قانون تشکیل هیأت امناء مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی و همچنین قانون برنامه توسعه پنجم ( ماده ۲۰) و از طرفی ایجاد تشکل های هیأت امنایی در بیمارستان‌های تابعه، ضرورت ایجاد ساختاری با شرح وظایف و اهداف مشخص را در دانشگاه‌ها/ دانشکده‌ها/ مؤسسات بوجود آورده است. این مهم با تصویب ساختار تشکیلاتی (نمودار سازمانی)، شرح وظایف و پست‌های سازمانی توسط هیأت‌های امناء و ایجاد دبیرخانه دائمی هیأت امناء در این موسسات در سال 90-1389 با هماهنگی مرکز تحول اداری وزارت متبوع نهادینه گردید. مسئول پیگیری و هماهنگی در انجام تکالیف و مصوبات بعنوان بازوی ناظر و محیطی هیأت امناء در تصدی پست رئیس این دبیرخانه، تعیین و توسط هیأت امناء در سطح  دانشگاه انتخاب و تأیید گردید تا با نظارت بر حسن اجرای مصوبات و تکالیف  بعنوان مشاور رئیس دانشگاه / دانشکده / موسسه نیز حضور و فعالیت داشته باشد. تشکیلات دبیرخانه (رئیس و کارشناسان آن) با انسجام در اقدامات و ایجاد تعامل و ارتباط با دبیرخانه مرکزی هیأت امناء مستقر در ستاد وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نقش اساسی در توسعه، بهینه‌سازی، اجرایی شدن مصوبات و به سرانجام رسانیدن تکالیف جلسات و نیز ارزیابی اقدامات و تصمیم گیری‌ها را با هماهنگی ریاست دانشگاه و ارتباط مستمر با اعضای هیأت امناء  دارندد.

وظایف و اختیارات هیأت امنای دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی اراک
 
الف‌ - تصویب‌ آیین‌نامه‌ داخلی‌
 ب‌ - تصویب‌ سازمان‌ اداری‌ موسسه‌ براساس‌ ضوابطی‌ که‌ به‌ پیشنهاد وزارتخانه‌های‌ مربوط‌ با هماهنگی‌ سازمان‌ امور اداری‌ و استخدامی‌ به‌ تصویب‌ شورای‌ عالی‌ انقلاب‌ فرهنگی‌ خواهد رسید.
 ج‌ - بررسی‌ و تصویب‌ بودجه‌ موسسه‌ که‌ از طرف‌ رئیس‌ موسسه‌ پیشنهاد می‌شود
 د - تصویب‌ بودجه‌ تفصیلی‌ موسسه‌
هـ -تصویب‌ حسابها و ترازنامه سالانه‌ موسسه‌
 و - تصویب‌ نحوه‌ وصول‌ درآمدهای‌ اختصاصی‌ و مصرف‌ آن‌
 ز - تعیین‌ حسابرس‌ و خزانه‌دار برای‌ موسسه‌
 ح‌ - کوشش‌ برای‌ جلب‌ کمکهای‌ بخش‌ خصوصی‌ و عوائد محلی‌ اعم‌ از نقدی‌، تجهیزاتی‌، ساختمانی‌ با رعایت‌ ضوابط‌ مصوب‌ شورای‌ عالی‌ انقلاب‌ فرهنگی‌
 ط‌ - تصویب‌ آیین‌نامه‌های‌ مالی‌ و معاملاتی‌ که‌ برحسب‌ مورد پس‌ از تایید وزارتخانه‌ مربوط‌ قابل‌ اجرا می‌باشد.
 ی‌ - پیشنهاد میزان‌ فوق العاده‌های‌ اعضای‌ هیات‌ علمی‌ و غیر هیات‌ علمی‌ ( کارشناسان‌ ، تکنسین‌ها ) که‌ بر حسب‌ مورد پس‌ از تایید وزارتخانه‌های‌ فرهنگ‌ و آموزش‌ عالی‌ و یا بهداشت‌، درمان‌ و آموزش‌ پزشکی‌ قابل‌ اجرا می‌باشد.
 ک‌ - تعیین‌ نحوه‌ اداره‌ واحدهای‌ تولید، خدماتی‌، کارگاهی‌ و بهداشت‌ و درمانی‌ موسسه‌ در چهارچوب‌ ضوابطی‌ که‌ به‌ تصویب‌ هیات‌ وزیران‌ خواهد رسید.
 ل‌ - تعیین‌ میزان‌ پرداخت‌ حق‌التحقیق‌، حق‌التدریس‌، حق‌الترجمه‌، حق‌التالیف‌ و نظایر آن‌ .
 م‌ - بررسی‌ گزارش‌ موسسه‌ که‌ از طرف‌ رئیس‌ موسسه‌ ارائه‌ می‌شود.
 ن‌ - تصویب‌ مقررات‌ استخدامی‌ اعضای‌ هیات‌ علمی‌ موسسه‌ که‌ به‌ منظور هماهنگی‌ پس‌ از تایید وزارتخانه‌ مربوط‌ قابل‌ اجرا خواهد بود.

وظایف دبیرخانه دائمی هیأت امناء دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی اراک

• بررسی و اظهار نظر نسبت به موارد قابل طرح در کمیسیون دائمی و هیات امنا ارسالی از طرف معاونت ها و واحدهای مختلف دانشگاه و تطبیق آنها با مقررات و ضوابط قانونی.
• جمع آوری و تکثیر درخواستهای رسیده و آماده کردن پوشه های کاری به تعداد اعضای جلسه.
• تهیه دستور جلسات کمیسیون دائمی و هیأت امنای دانشگاه پس از کسب اطمینان نسبت به تطبیق آن با مقررات قانونی.
• تهیه دستور جلسات کمیسیون دائمی و هیأت امنای دانشگاه بصورت پاور پوینت
• تهیه گزارشی از عملکرد دانشگاه جهت ارائه آن توسط رئیس دانشگاه به اعضا جلسه.
• تهیه و تنظیم صورتجلسات کمیسون دائمی و هیأت امنای دانشگاه پس از برگزاری جلسات و ارسال آن برای امضای اعضا
• ابلاغ صورتجلسات و مصوبات هیأت امنای دانشگاه به واحدهای ذیربط دانشگاه پس از تائید و امضای مقام وزارت جهت اجرا.
• برقراری ارتباط با دفتر هیأتهای امنا و هیأت ممیزه مرکزی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری جهت پیگیری امور مربوطه.
• جمع آوری و تدوین ( کتابچه) صورتجلسات هیأت امنای دانشگاه و بایگانی آنها.
• جمع آوری و تهیه اطلاعات و گزارشهای لازم در مورد هیأت امنای دانشگاه جهت استحضار دبیر هیأت امناء.
• انجام سایر امور محوله از سوی دبیر محترم هیأت امناء