بار اصلی پژوهش و تحقیقات در دنیا بر عهده دانشگاه ها و مراکز آموزشی و تحقیقاتی است. در نظام سلامت و درمان ایران با توجه به ویژگی های ادغام آموزش و درمان پزشکی، مسئولیت و توان پژوهشی در یکجا تجمع یافته که با استفاده از این فرصت می‌توان منابع را مدیریت و پژوهش را در بخش بهداشت و درمان کشور هدایت کرد. 

تلاش جهت توسعه پژوهش های کاربردی و گسترش مرزهای دانش  موجب شکل گیری تفکر حمایت از تحقیقات بالینی با استفاده از ظرفیت های بالقوه بیمارستان ها و اعضای هیئت علمی دربیمارستانهای آموزشی درمانی از طرف معاونت تحقیقات و فنآوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی شد. بر این اساس واحدهای پژوهش با هدف ترغیب و توانمندسازی اعضای هیئت علمی و فراهم نمودن تسهیلات جهت انجام پژوهش در بیمارستان‌های آموزشی زیر نظر معاون پژوهشی بیمارستان تشکیل گردید. واحد پژوهش بیمارستان خوانساری زیر نظر معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه فعالیت می کند و  جلسات هسته پژوهش به صورت متناوب در سال برگزار میگردد و سقف  طرح های دارای تفویض اختیار 000/000/800 ریال(معادل هشتاد میلیون تومان) میباشد.