امور اعتباربخشی آموزشی زیر نظر معاون آموزشی(خانم دکتر شبانی) و توسط مسئول اعتباربخشی آموزشی(خانم محسنی) در مرکز انجام می گیرد. سالانه از سمت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به منظور پایش و سنجش اجرای سنجه های اعتباربخشی طبق کتاب راهنمای اعتباربخشی آموزشی مراکز از کلیه مراکز آموزشی درمانی بازدید به عمل آمده و کیفیت و کمیت عملکرد آموزشی مراکز را تحت سنجش  قرارداده و در نهایت نمره سالانه ای را به مرکز اعطا می نماید. در بیمارستان خوانساری نیز همواره جهت کسب امتیاز لازم و انجام امور مربوط به اعتباربخشی آموزشی ، سنجه های اعتباربخشی ابلاغی از وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی بررسی شده و مدارک و مستندات مربوط به آن جهت کسب امتیاز های لازم در سامانه ی اعتباربخشی آموزشی مراکز بارگزاری می گردد.

اعتباربخشی آموزشی دارای 9 محور:

1-مدیریت آموزش در بیمارستان های آموزشی 2- پایش و ارزشیابی عملکرد سیستم های آموزشی 3- اعضای هیئت علمی 4- فراگیران 5-مدیریت تسهیلات، فضا، امکانات، تجهیزات و منابع مالی،انسانی آموزشی و پژوهشی 6- آموزش فراگیران در بخش های اورژانس و پاراکلینیک 7- برنامه ها و فرآیندهای آموزشی 8- رعایت حقوق بیمار در فرآیندهای آموزشی 9- بیمارستان های آموزشی به عنوان عرصه ی پژوهش های بالینی

و 119 سنجه می باشد که به طور کلی سنجه ها شامل :

بررسی سیاست های آموزشی مرکز، برنامه های آموزشی گروه ها و رشته های مختلف، نیازسنجی و برنامه ریزی های آموزشی جهت ارتقای سیستم آموزشی مرکز، نظارت بر حسن اجرای برنامه ها و عملکرد اساتید و دانشجویان در زمینه اجرای برنامه ها، نیازسنجی و برنامه ریزی جهت ارتقای نیازهای آموزشی و رفاهی اساتید و دانشجویان در کلیه مقاطع، نظارت بر اجرای دستورالعمل ها و روش های اجرایی آموزشی مرکز و ... می باشد.