امور اعتباربخشی آموزشی زیر نظر معاون آموزشی(خانم دکتر شبانی) و توسط مسئول اعتباربخشی آموزشی(خانم محسنی ) در مرکز انجام می گیرد. سالانه از سمت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به منظور پایش و سنجش اجرای سنجه های اعتباربخشی طبق کتاب راهنمای اعتباربخشی آموزشی مراکز از کلیه مراکز آموزشی درمانی بازدید به عمل آمده و کیفیت و کمیت عملکرد آموزشی مراکز را تحت سنجش قرارداده و در نهایت نمره سالانه ای را به مرکز اعطا می نماید. در بیمارستان خوانساری نیز همواره جهت کسب امتیاز لازم و انجام امور مربوط به اعتباربخشی آموزشی ، سنجه های اعتباربخشی ابلاغی از وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی بررسی شده و مدارک و مستندات مربوط به آن جهت کسب امتیاز های لازم در سامانه ی اعتباربخشی آموزشی مراکز بارگزاری می گردد.

اعتباربخشی آموزشی  دارای 9 محور:

1-مدیریت آموزش در بیمارستان ها و مراکز آموزشی درمانی 2- اعضای هیئت علمی 3- فراگیران 4- مدیریت تسهیلات، فضا، امکانات، تجهیزات و منابع مالی،انسانی 5- برنامه ها و فرآیندهای آموزشی 6- آموزش فراگیران در بخش های اورژانس و پاراکلینیک 7- رعایت حقوق بیمار در فرآیندهای آموزشی 9- بیمارستان های آموزشی به عنوان عرصه ی پژوهش های بالینی

این دستورالعمل حاوی 9 محور – 65 استاندارد – 71 سنجه (48 سنجه الزامی یا پایه و 23 سنجه ترجیحی ) می باشدو جمع کل امتیاز استانداردهای آموزشی اعتباربخشی بیمارستانی 334 امتیاز الزامی / پایه و 90 امتیاز ترجیحی می باشدو بر مبنای امتیاز کامل سنجه (2) در وزن سنجه محاسبه می شود.