مرکز تحقیقات بیماری های عفونی به عنوان جزیی از نظام تحقیقات کشور و در چهار چوب سیاست‌های پژوهشی با استعانت از خداوند متعال مأموریت‌هایی را در زمینه‌های رفع نیازهای بهداشتی، ارتقاء سطح سلامت جامعه، افزایش میزان تحقیقات کاربردی، بالابردن سطح علمی و افزایش روحیه پژوهشگری در کادر آموزشی، پژوهشی و دانشجویان، عهده دارد. این مرکز از سال 1389 به استناد رای شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی ، با ابلاغ مقام محترم وزارت ، بطور رسمی فعالیتهای پژوهشی خود را آغاز نموده است.