منشور حقوق بیمار در سال ۱۳۸۱ تدوین و از سوی معاونت سلامت وزارت بهداشت در زمستان همان سال ابلاغ شد. مراکز بهداشتی و درمانی نیز براساس این دستورالعمل موظف بودند که مفاد این منشور را در مکان مناسب و قابل رویت نصب کنند. 
منشور جامع حقوق بیمار در پنج محور کلی و ۳۷ بند به همراه بینش و ارزش و یک تبصره پایانی تنظیم شده است. محورهای پنج گانه این منشور شامل حق دریافت خدمات مطلوب، حق دریافت اطلاعات به نحو مطلوب و کافی، حق انتخاب و تصمیم گیری آزادانه بیمار در دریافت خدمات سلامت، حق احترام به حریم خصوصی بیمار و رعایت اصل رازداری و درنهایت حق دسترسی به نظام کارآمد رسیدگی به شکایات است
حقوق بیمار در این منشور به شرح زیر آمده‌ است:
۱) دریافت مطلوب خدمات سلامت حق بیمار است
ارائه خدمات سلامت باید:
۱.۱) شایسته شان و منزلت انسان و با احترام به ارزش‌ها، اعتقادات فرهنگی و مذهبی باشد.
۱.۲) برپایه صداقت، انصاف، ادب و همراه با مهربانی باشد.
۱.۳) فارغ از هرگونه تبعیض از جمله قومی، فرهنگی، مذهبی، نوع بیماری و جنسیتی باشد.
۱.۴) براساس دانش روز باشد.
۱.۵) مبتنی بر برتری منافع بیمار باشد.
۱.۶) در مورد توزیع منابع سلامت مبتنی بر عدالت و اولویت‌های درمانی بیماران باشد.
۱.۷) مبتنی بر هماهنگی ارکان مراقبت اعم از پیگیری، تشخیص، درمان و توانبخشی باشد.
۱.۸)  به همراه تامین کلیه امکانات رفاهی پایه و ضروری و به دور از تحمیل درد و رنج و محدودیت‌های غیرضروری باشد.
۱.۹) توجه ویژه‌ای به حقوق گروه‌های آسیب پذیر جامعه از جمله کودکان، زنان باردار، سالمندان، بیماران روانی، زندانیان، معلولان ذهنی و جسمی و افراد بدون سرپرست داشته باشد.
۱.۱۰) در سریع‌ترین زمان ممکن و با احترام به وقت بیمار باشد.
۱.۱۱) با در نظر گرفتن متغیرهایی چون زبان، سن و جنس گیرندگان خدمت باشد.
۱.۱۲) مراقبت‌های ضروری و فوری (اورژانس)، بدون توجه به تامین هزینه آن صورت گیرد. در موارد غیر فوری (الکتیو) بر اساس ضوابط تعریف شده باشد.
۱.۱۳) در مراقبت‌های ضروری و فوری (اورژانس)، در صورتی که ارائه خدمات ممکن نباشد، لازم است پس از ارائه خدمات ضروری و توضیحات لازم، زمینه انتقال بیمار به واحد مجهز فراهم گردد.
۱.۱۴) در مراحل پایانی حیات که وضعیت بیماری غیر قابل برگشت و مرگ بیمار قریب الوقوع است، خدمات بهداشتی با هدف حفظ آسایش، کاهش درد و رنج بیمار، توجه به نیازهای روانی، اجتماعی، معنوی و عاطفی وی و خانواده‌اش در زمان احتضار باشد. بیمار در حال احتضار حق دارد در آخرین لحظات زندگی خویش با فردی که می‌خواهد همراه گردد.
۲) اطلاعات باید به نحو مطلوب و به میزان کافی در اختیار بیمار قرار گیرد.
۲.۱) محتوای اطلاعات باید شامل موارد زیر باشد:
۲.۱.۱) مفاد منشور حقوق بیمار در زمان پذیرش
۲.۱.۲) ضوابط و هزینه‌های قابل پیش بینی بیمارستان اعم از خدمات درمانی و غیردرمانی و ضوابط بیمه 
معرفی سیستم‌های حمایتی در زمان پذیرش
۲.۱.۳) نام، مسئولیت و رتبه حرفه‌ای اعضای گروه پزشکی مسئول ارائه مراقبت از جمله پزشک، پرستار و دانشجو و ارتباط حرفه‌ای آنها با یکدیگر
۲.۱.۴) روش های تشخیصی و درمانی و نقاط ضعف و قوت هر روش و عوارض احتمالی آن، تشخیص بیماری، پیش آگهی و عوارض آن و نیز کلیه اطلاعات تاثیرگذار در روند تصمیم گیری بیمار
۲.۱.۵) نحوه دسترسی به پزشک معالج و اعضای اصلی گروه پزشکی در طول درمان
۲.۱.۶) کلیه اقداماتی که ماهیت پژوهشی دارند.
۲.۲) نحوه ارائه اطلاعات باید به صورت ذیل باشد:
۲.۲.۱) اطلاعات باید در زمان مناسب و متناسب با شرایط بیمار از جمله اضطراب و درد و ویژگی‌های فردی وی از جمله زبان، تحصیلات و توان درک در اختیار وی قرار گیرد، مگر اینکه:
- تاخیر در شروع درمان به واسطه ارائه اطلاعات فوق سبب آسیب به بیمار گردد؛ در این صورت انتقال اطلاعات پس از اقدام ضروری باید در اولین زمان مناسب انجام شود.
- بیمار به رغم اطلاع از حق دریافت اطلاعات از این امر امتناع نماید که در این صورت باید خواست بیمار محترم شمرده شود، مگر اینکه عدم اطلاع بیمار، وی یا سایرین را در معرض خطر جدی قرار دهد.
۲.۲.۲) بیمار می‌تواند به کلیه اطلاعات ثبت شده در پرونده بالینی خود دسترسی داشته باشد و تصویر آن را دریافت نموده و تصحیح اشتباهات مندرج در آن را درخواست نماید.
۳) حق انتخاب و تصمیم گیری آزادانه بیمار در دریافت خدمات سلامت محترم شمرده شود.
۳.۱) محدوده انتخاب و تصمیم گیری درباره موارد زیل است:
۳.۱.۱)  انتخاب پزشک معالج و مرکز ارائه کننده خدمات سلامت در چارچوب ضوابط؛
۳.۱.۲) انتخاب و نظرخواهی از پزشک دوم به عنوان مشاور؛
۳.۱.۳) شرکت یا عدم شرکت در هر گونه پژوهش یا اطمینان از این که تصمیم‌گیری وی تاثیری در تداوم و نحوه دریافت خدمات سلامت نخواهد داشت؛
۳.۱.۴) قبول یا رد درمان‌های پیشنهادی پس از آگاهی از عوارض احتمالی ناشی از پذیرش یا رد آن مگر در موارد خودکشی یا مواردی که امتناع از درمان، شخص دیگری را در معرض خطر جدی قرار می‌دهد؛
۳.۱.۵) اعلام نظر قبلی بیمار در مورد اقدامات درمانی آتی در زمانی که  بیمار واجد ظرفیت تصمیم گیری است ثبت شود و به عنوان راهنمای اقدامات پزشکی در زمان فقدان ظرفیت تصمیم گیری وی با رعایت موازین قانونی مدنظر ارائه کنندگان خدمات سلامت و تصمیم گیرنده جایگزین بیمار قرار گیرد.
۳.۲) شرایط انتخاب و تصمیم گیری شامل موارد زیر است:
۳.۲.۱) انتخاب و تصمیم گیری بیمار باید آزادانه و آگاهانه، مبتنی بر دریافت اطلاعات کافی و جامع (مذکور در بند دوم) باشد؛
۳.۲.۲)  پس از ارائه اطلاعات، زمان لازم و کافی به بیمار برای تصمیم گیری و انتخاب داده شود.
۴) ارائه خدمات سلامت باید مبتنی بر احترام به حریم خصوصی بیمار (حق خلوت) و رعایت اصل رازداری باشد.
۴.۱) رعایت اصل رازداری راجع به کلیه اطلاعات مربوط به بیمار الزامی است؛ مگر در مواردی که قانون آن را استثنا کرده باشد؛
۴.۲) در کلیه مراحل مراقبت اعم از تشخیص و درمانی باید به حریم خصوصی بیمار احترام گذاشته شود. ضروری است به این منظور کلیه امکانات لازم جهت تضمین حریم خصوصی بیمار فراهم گردد.
۴.۳) فقط بیمار و گروه درمانی افراد مجاز از طرف بیمار و افرادی که به حکم قانون مجاز تلقی می شوند می توانند به اطلاعات دسترسی داشته باشند.
۴.۴) بیمار حق دارد در مراحل تشخیصی از جمله معاینات، فرد معتمد خود را همراه داشته باشد. همراهی یکی از والدین کودک در تمام مراحل درمان حق کودک است، مگر اینکه این امر برخلاف ضرورت های پزشکی باشد.
۵) دسترسی به نظام کارآمد رسیدگی به شکایات حق بیمار است.
۵.۱) هر بیمار حق دارد در صورت ادعای نقض حقوق خود که موضوع این منشور است، بدون اختلال در کیفیت دریافت خدمات سلامت به مقامات ذی صلاح شکایت کند؛
۵.۲) بیماران حق دارند از نحوه رسیدگی و نتایج شکایات خود آگاه شوند.
۵.۳) خسارت ناشی از خطای ارائه کنندگان خدمات سلامت باید پس از رسیدگی و اثبات، مطابق مقررات در کوتاه ترین زمان ممکن جبران شود.