اهم وظایف این معاونت عبارتند از : 

1)  تامین،توزیع و نظارت از مراکز تهیه و توزیع دارو و اقلام دارویی 

2) نظارت و برنامه ریزی برای تامین تجهیزات پزشک

3) نظارت بر مراکز و واحدهای غذایی،آرایشی و بهداشتی و همچنین فرآورده های طبیعی،سنتی و مکمل ها ( معمولا باشگاه های ورزشی هستند) 

4) انجام آزمایش های تخصصی میکروبی و شیمیایی روی نمونه ها در  آزمایشگاه کنترل کیفیت محصولات 

5) صدور مجوز برای فعالیت داروخانه ها و نحوه ی فعالیت آنها

6) صدور مجوز برای واحدها و صنوف مرتبط خوراکی،آشامیدنی و ...

7) نظارت بر صنوف و همکاری با سایر ادارات زیربط در رابطه با مقابله با کالای قاچاق سلامت محور 

 8) بررسی و تنظیم مدارک با توجه به ضوابط مربوط به تاسیس مراکز تولید و توزیع مواد داروئی و غذائی ،  بهداشتی  و ارسال آن به واحدهای ذیربط در ستاد وزارتخانه جهت رسیدگی و طرح موضوع درکمیسیون های قانونی  
 
9) نظارت و اعلام ضوابط مربوط به ایمنی تاثیر بسته بندی برچسب گذاری و تبلیغات محصولات غذائی ، آشامیدنی و ارایشی و   بهداشتی .
 
 10) بررسی در زمینه بهبود روشهای نگهداری و عرضه و فروش محصولات داروئی ، آشامیدنی و بهداشتی و نظارت بر حسن جریان امور 
 
11)  جمع آوری و نگهداری و بررسی اطلاعات و آمار و مدارک مربوط به محصولات داروئی ، خوردنی ، آشامیدنی ، آرایشی و بهداشتی 
 
 12)  نظارت بر نحوه اجرای دقیق تولیدکنندگان محصولات در مورد ضوابط و استانداردهای تعیین شده برای مواد افزودنی کمکی و همچنین    استعمال رنگهای مجاز و مواد بسته بندی و اعمال کنترل مداوم محصولات از لحاظ   صلاحیت کمی و کیفی 
 
13) کنترل موجودی دارو ، با توجه به نیاز مصرف واحدهای درمانی . 
 
14)  نظارت بر نحوه نگهداری داروهای خاص و مواد اعتیادآور و حسن اجرای امور .  
 
15) نظارت بر امر توزیع صحیح دارو از طریق سهمیه های مصوب برای واحدهای خصوصی و دولتی