بخش میکروب شناسی آزمایشگاه کنترل مواد غذایی  استان مرکزی از قسمتهای زیر تشکیل شده است:

  1- کشت 2-انکوباسیون 3- محیط سازی 4-  استریلیزاسیون 5-اماده سازی نمونه6-شستشو 

 کارشناسان  بخش میکروب شناسی آزمایشگاه کنترل مواد خوراکی، آشامیدنی ، آرایشی وبهداشتی  در مقاطع کارشناسی ارشد – کارشناسی در رشته های میکروبیولوژی ، مهندسی صنایع غذایی به تعداد 4 نفرمشغول به فعالیت هستند .    در این بخش نمونه ها با توجه به استانداردهای موجود مورد آزمایش قرار گرفته ، ابتدا با اطمینان از استریل بودن قسمت کشت آزمایشگاه میکروب شناسی ، محیطهای کشت میکروبی و وسایل مورد نیاز آزمایش از نمونه رقت های مورد نظر تهیه و مورد آزمون میکروبی قرار می گیرد. در بخش میکروبشناسی کلیه نمونه ها از لحاظ آزمایشات ذکر شده در زیر مورد بررسی قرار می گیرند :

 شمارش وشناسایی آنتروباکتریاسه ها ، کلی فرم ها ، استافیلو کوکوس ارئوس ،آنتروکوکها ،کلستریدیومها  احیاء کننده سولفیت ،کپک و مخمر  ، باکتری های اسیددوست ، باسیلوس سرئوس  و شناسایی اشرشیا کلی  سالمونلا ،  سودو موناس آئروژینوزا و شمارش کلی میکرو ارگانیسم ها و باکتری هاپس از کشت و نتیجه گیری و ثبت نتایج در دفاتر توسط کارشناس مربوطه برگه نتایج آزمونها تکمیل و پس از تایید مسئول بخش به بخش پذیرش  ارسال میگردند.